仁祖的王位是从伯父光海君李珲的手里抢来的，从一个普通的世子到登上王位并得到明朝的承认，这中间的过程曲折复杂。

当时作为王世子的光海君想尽一切办法排挤迫害可能影响自己继承王位的人，仁祖的父亲定远君李琈就是被排挤的对象之一，他在塞门洞的家也被认为有王气而被光海君夺去建造庆德宫，全家人都在光海君的淫威下忍辱偷生。后来，光海君因为外交上拒绝援助明朝、秘密传书后金的行为导致众叛亲离，武人李曙及申景禛（李倧表舅）等人决定发动政变，推翻光海君。

他们于天启三年（162年）率领长湍等地带来的1000多名士兵攻入昌德宫，并在宫中纵火，光海君父子仓促出逃，被当场抓住。仁祖带着被关在轿子里的光海君去求见仁穆大妃（注4）启禀“反正”之意，次日先以仁穆大妃名义发表教书，废黜光海君，然后仁祖在庆运宫接受百官朝贺，颁布即位教书，大赦境内。这场政变史称“仁祖反正”。

“反正”之后，仁祖派使者出使明朝，请求天启帝册封他为朝鲜国王。但是因为政变的因素，明朝廷却认定其为篡位，延宕不予册封。拖延了一段时间后，最后还是在朝鲜使者的恳求和毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，勉强决定批准仁祖的册封。仁祖即位半年后，才获得了天启帝的准封圣旨，册封典礼则一直拖到了第二年，次年六月初三日才由明朝使臣太监王敏政、胡良辅主持册封典礼，仁祖王位的合法性终于得以确固。

对于这个迟来的册封，从仁祖到支持他上位的大臣，心中都有阴影，在与大明这个宗主国打交道的过程中始终保持着谦卑的姿态。现在经李元翼提醒，他们才醒悟过来，对方有大明皇帝的圣旨在手，占块地方屯田怎么了？有必要为此得罪大明皇帝吗？

而且铁山和临近的宣川等地，本来就曾经被毛文龙占据过，整个黄海道和平安道，更是为了满足桀骜不驯的毛文龙关于粮草的需求，被迫增收粮赋（民间称为毛米），一收就是十几年。现在让另一个明朝武将占据屯田，似乎也没什么大不了的。从某种角度来说，崔鸣吉说得不无道理：人家自己屯田了，不用咱们提供现成的粮食了，应该感到庆幸。作为藩属国和军事上积弱的国度，这种姿态固然有屈辱的成分，但也是无奈之举。

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注1：在朝鲜国王下面，有辅佐机关——议政府，其首领为“领议政”，俗称“领相”，相当于北宋时期的正宰相和明朝时期的内阁首辅。

注2：壬辰倭乱就是万历朝鲜战争（1592年—1598年），又称万历朝鲜之役、万历援朝战争（朝鲜称：壬辰倭乱；日本称：文禄?庆长の役），指明朝万历年间中朝人民抗击日本侵略朝鲜的战争。

注：朝鲜的官制模仿明朝，设议政府和六曹，相当于明朝的内阁和六部，六曹的最高长官就是判书。文中出现的右议政相当于明朝内阁次辅，工曹判书和吏曹判书就相当于明朝的工部尚书、吏部尚书。

注4：仁穆王后，史上多称为仁穆大妃，是宣祖的继妃、光海君的继母、仁祖的嫡祖母。光海君即位后，为了巩固王位，先是处死了胞兄临海君、养侄晋陵君、幼弟永昌大君、侄儿绫昌君等王位威胁者，后将仁穆大妃幽禁于德寿宫。